헬리코박터 파이로리는 만성위염, 위, 십이지장궤양, 위암 등과 관련이 있는 미생물로 일단 감염이 되면 자연치유가 되지 않는다. 많은 사람에서 헬리코박터 감염이 있지만 현재 임상적으로는 위암이나 위, 십이지장궤양(반흔 포함)이 있는 경우 제균치료를 하고 있고, 위암의 가족력이 있는 경우에는 의사와 상의한 후 치료를 결정하게 된다.

헬리코박터 파이로리 제균을 위해서는 이 균에 효과적인 항생제와 항생제가 최적으로 작용할 수 있도록 해주는 수소이온펌프억제제(위에서 산이 나오지 않도록 하여 위 내 PH를 올려준다)를 복용하게 된다. 효과적으로 제균을 하기 위해서는 다음과 같은 사항을 준수하여야 한다.

1) 우선 위 내 PH를 올려주는 수소이온펌프억제제는(상품명: 파리에트, 판토록, 란스톤 등) 아침과 저녁 식전 30분에 복용한다. 이 약물을 항생제를 복용하기 이전에 투여하여 위 산의 PH를 올려 놓아야만 항생제가 제대로 작용할 수 있게 된다. 

2) 항생제는 아침, 저녁 식후 바로 복용한다. 

3) 제균치료는 7~10일간 지속한다.

4) 제균치료 후 바로 위내시경 추적검사를 하는 경우에는 조직검사를 통해 제균여부를 확인할 수 있다. 위내시경 추적검사를 하지 않는 경우에는 대변검사나 호기검사를 통해 제균여부를 확인할 수 있다. 만약 치료 후 제균여부를 확인하지 못한 경우에는 다음 내시경검사 시 제균여부를 확인해주도록 내시경 검사 전에 이야기한다.

특히 항생제를 복용하게 되면 사람에 따라 복통이나 설사, 입맛의 변화 등이 생길 수 있는데, 대부분 경미하므로 약간 불편하더라도 지속적으로 복용하도록 한다. 그러나 그 증상이 심한 경우에는 무리하여 약물을 복용하지 말고 주치의에게 연락을 하고 상의해야 한다.

치료기간 동안에는 정확한 약물 복용을 위해 가능한 외식을 피하고, 금주를 하도록 한다.