Enterobacteriaceae에 속하는 세균은 임상검체에서 흔히 분리된다. Fluoroquinolone은 그람음성 간균에 대해 우수한 항균력을 갖고 있고, 이 약제에 대한 내성은 별로 염려하지 않았었다. 그러나 1993년에 분리된 E.coli 중 ofloxacin에 대한 내성비율이 19%에서, 1996년에 38%로 증가한 것은 크게 우려되는 현상이다. 제3세대 cephalocporin도 그람음성 간균에 대한 항균력이 우수하다. 그러나 이들에 내성인 extended-spectrum b-lactamase(ESBL)를 생산하는 균종이 세계 여러나라에 퍼지고 있음이 보고되었다. 세브란스병원에서 1980년대 분리된 E.coli와 K. pneumoniae는 대부분 cefotaxime에 감수성이었으나, 1996년에 분리된 E. coli중 13%와 K. pneumoniae 중 27%가 cefotaxime에 내성을 보여 우리나라에서도 ESBL 생산 세균이 확산되고 있어 문제의 심각성을 보이고 있다. Citrobacter freundii, Enterobacter cloacae 및 Serratia marcescens는 중요한 원내감염균이며, 여러 가지 항균제에 대한 내성율이 높다. 이들은 염색체성 b-lactamase인 AmpC 효소를 갖고 있는데, 항균제에 노출되는 동안 유도에 의해 다량의 효소를 만들고, 특히 변이가 생기면 항균제 노출과 관계없이 영구히 다량의 효소를 생산한다. 이러한 내성변이주는 제 3세대 cephalosporin에 대해서도 내성을 나타내는데, 우리나라 분리주 중에도 이들 약제에 내성인 균주가 많다. 이러한 균주들이도 대부분은 소위 제 4세대 cephalosporin인 cefepine이나 cefepirome에 대해서는 감수성인 균주가 많으나 이러한 항균제가 아직은 우리나라에서 시판되지는 않는다. AmpC효소는 염색체가 매개하는 것으로 알려졌었는데, 1989년 Bauernfiend 등은 plasmid 매개 cephamycinase (CMY-1)를 생산하는 K. pneumoniae를 처음 보고하였다. 그 후 MIR-1, BIL-1, MOX-1, FOX-1 등의 효소가 세계 각지에서 보고되었으나, 그 분리빈도는 많지 않았는데, 최근에는 이러한 균주가 많이 확산된 것으로 생각된다. 세브란스 병원에서 1996년에 분리된 E. coli와 K. pneumoniae는 각각 19%가 cefoxitin에 내성이었다. 과거 우리나라에서 분리되는 Shigella 중에는 내성균이 많았다. 외국에는 항균제 내성 Salmonella typhi가 많다고 하나, 우리나라에서 분리된 균주 중에는 내성균이 없었다. 그러나 근래 분리된 균주 즁 ampicillin에 내성 균주가 소수 관찰되었다. Shigella 와 S. typhi의 분리수는 현저히 감소되었으나, nontyphoidal Salmonella의 분리수는 현저히 증가하여 1994년에 152주이었던 것이 1996년에는 218주이었다. 이들 중에는 ampicillin이나 cotrimoxazole에 내성인 균주가 흔하였었는데, 1996년에 분리된 B군 중의 내성율은 ampicillin에 대해 37%. cotrimoxazole에는 15%이었다. 더욱이 지난 2년 동안에 분리된 nontyphoidal Salmonella 중에는 제 3세대 cephalosporin에도 내성인, 즉 ESBL을 생산하는 균주도 3주가 분리되었다.