세균 배양을 하기 위해서는 중간뇨를 10mL 정도 무균 용기에 받는다. 환자의 요도 주위를 비눗물로 씻은 다음 중간뇨를 받는다(clean catch technique). 도자(catheter)를 사용하면 원내 감염(nosocomial infection)을 일으킬 수 있으므로 피하는 것이 좋다. 단, 중간뇨를 받지 못한 환자나 무균 조작이 반드시 필요한 환자에서 catheter를 사용한다. 이 경우 catheter와 collection tube junction의 윗부분의 catheter wall에서 멸균주사기를 이용하여 요를 흡인한다. Foley catheter tip은 요도 상재균에 오염되어 있기 때문에 그 배양은 도움이 되지 않는다.