Enterococcus는 장내 상재균이고, 감염을 일으키는 일이 드물었었다. 그러나 근래 그 분리수가 현저히 많아져서 원내감염에서 분리되는 균종 중 제4위를 차지하게 되었음이 미국에서 보고되었다. 이는 cephalosporin의 빈번한 사용때문으로 생각되는데, 이러한 경향은 우리나라에서도 관찰된다.1996년 세브란스병원 환자에서 분리된 S. aureus의 균주수는 2,946주 이었는데, E. faecalis는 1.456주, E. faecium은 647주이었다. 다행히 대부분의 균주는 원내감염인 요검체에서 분리되었다. Enterococcus는 Streptococcus보다 자연내성인 항균제가 많고, 또한 b-lactam항균제에 대한 내성 정도도 높다. Enterococcus 중에서는 E. faecium의 내성율이 더 높다. 1996년 분리주의 ampicillin 내성율은 E.faecalis가 0%, E. faecium이 96%이었다. Enterococcus는 저농도 aminoglycoside에 내성이고, b-lactam 항균제에 감수성이 낮지만, 두 약제가 공존할 때는 상승작용을 나타내어 이 세균에 의한 심내막염 치료시 두 약제의 병함요법이 시행되어 왔다. 그러나 aminoglycoside 고도 내성주에 대해서는 상승효과가 없다고 알려져 있다. 1994년에 분리된 균주의 streptomycin과 gentamicin에 대한 고도내성율은 E.faecalis가 각각 39%와 70%, E. faecium이 각각 60%와 87%이었다. 미국에서는 vancomycin 내성 장구균이 증가하여 문제되고 있는데, 국내에서도 소수의 분리 예들이 보고되고 있다. 그러나 다른 세균의 내성균 증가 추세로 미루어 볼 때, 앞으로 이러한 균주가 점차 확산되고, 다룬 균종 특히 S. aureus로 전달될 것이 염려된다.